Abp Józef Kowalczyk przez 21 lat pełnił funkcję nuncjusza apostolskiego w Polsce, mianowany na tę funkcję przez Jana Pawła II. W tym czasie uczestniczył w doprowadzeniu do podpisania konkordatu pomiędzy Stolicą Apostolską a Rzeczpospolitą Polską, przywrócenia Ordynariatu Wojska Polskiego, przygotował całościową reorganizację kościelnych struktur administracyjnych w Polsce, która dokonała się bullą Jana Pawła II Totus Tuus Poloniae populus, pracował przy powołaniu kolejnych diecezji.
Wiadomość o śmierci abp. seniora Józefa Kowalczyka ogłosił w Gnieźnie dzwon św. Wojciech.
Święcenia kapłańskie w Olsztynie
Abp senior Józef Kowalczyk urodził się 28 sierpnia 1938 r. w Jadownikach Mokrych k. Tarnowa. Egzamin maturalny zdał w 1955 r. w Liceum Ogólnokształcącym w Radłowie. 1 września 1956 r. rozpoczął studia i formację w Wyższym Seminarium Duchownym Hosianum w Olsztynie. Święcenia kapłańskie przyjął 14 stycznia 1962 r. w konkatedrze św. Jakuba w Olsztynie z rąk bp. Józefa Drzazgi. Tego samego roku otrzymał nominację na wikariusza parafii pw. Świętej Trójcy w Kwidzynie. W październiku 1963 r. podjął studia na Wydziale Prawa Kanonicznego Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego w Lublinie, a 24 lutego 1965 r. wyjechał do Rzymu, aby podjąć studia na Wydziale Prawa Kanonicznego Papieskiego Uniwersytetu Gregoriańskiego.
Studia rzymskie
W tym czasie ukończył także kurs kanonicznej praktyki administracyjnej przy Kongregacji Soboru (dzisiaj Dykasterii ds. Duchowieństwa), podjął współpracę z Sekretariatem Generalnym Synodu Biskupów w Rzymie oraz uczęszczał do studium przy Tajnym Archiwum Watykańskim, które ukończył z dyplomem archiwisty. W 1968 r. uzyskał tytuł doktora prawa kanonicznego na podstawie rozprawy „Nadzwyczajny szafarz bierzmowania. Studium porównawcze między dyscypliną Kościoła łacińskiego i Kościołów wschodnich”.
W tym samym roku rozpoczął trzyletnie Studium w Rocie Rzymskiej, ukończone w 1971 r. tytułem adwokata Roty Rzymskiej. 19 grudnia 1969 r., z rekomendacji kard. Stefana Wyszyńskiego, podjął pracę w Kongregacji ds. Dyscypliny Sakramentów. W tym czasie współdziałał w organizowaniu Sekretariatu Synodu Biskupów, kierowanego przez bp. Władysława Rubina, wspierał sekcję rzymską Ogólnopolskiego Komitetu Beatyfikacji Ojca Maksymiliana Kolbe, został członkiem Zespołu Stolicy Apostolskiej ds. Stałych Kontaktów roboczych z przedstawicielami rządu PRL.
Praca w Sekretariacie Stanu
W 1978 r. na polecenie papieża Jana Pawła II ks. Józef Kowalczyk został przeniesiony z Kongregacji ds. Dyscypliny Sakramentów i Kultu Bożego do Sekretariatu Stanu i otrzymał misję utworzenia Sekcji Polskiej. Tego samego roku został mianowany przewodniczącym Komisji ds. Publikacji pism Karola Wojtyły sprzed powołania go na Biskupa Rzymu. Funkcję tę pełnił do 2000 r. W 1981 r. brał czynny udział w ustanowieniu Watykańskiej Fundacji Jana Pawła II i opracowaniu jej statutu. Jako kierownik Sekcji Polskiej Sekretariatu Stanu brał udział w licznych zagranicznych pielgrzymkach papieża Jana Pawła II.
Nuncjusz apostolski
17 lipca 1989 r. zostały wznowione stosunki dyplomatyczne między Stolicą Apostolską i Polską, a 26 sierpnia 1989 r. bullą Jana Pawła II został mianowany nuncjuszem apostolskim w Polsce i podniesiony do godności arcybiskupa tytularnego Heraklei. Święcenia biskupie przyjął 20 października 1989 r. w bazylice św. Piotra z rąk papieża Jana Pawła II. Jako zawołanie biskupie przyjął słowa Fiat voluntas Tua.
26 listopada 1989 r., uroczystą Mszą św. w warszawskiej katedrze św. Jana Chrzciciela abp Kowalczyk rozpoczął misję Nuncjusza Apostolskiego wobec Kościoła katolickiego w Polsce. W czasie jej trwania doprowadził m.in. do przywrócenia ordynariatu polowego Wojska Polskiego w 1991 r. oraz przygotował całościową reorganizację kościelnych struktur administracyjnych w Polsce, która dokonała się bullą Jana Pawła II Totus Tuus Poloniae populus z dnia 25 marca 1992 r. Kolejne dopełnienie reformy strukturalnej Kościoła w Polsce miało miejsce w 2004 r. i polegało na ustanowieniu dwóch nowych diecezji: bydgoskiej i świdnickiej oraz jednej nowej metropolii – łódzkiej. Zakończenie tej reformy miało miejsce 18 grudnia 2009 r., gdy tytuł Prymasa Polski powrócił do arcybiskupa gnieźnieńskiego. Negocjował tekst umowy konkordatowej i 28 lipca 1993 r. podpisał konkordat między Stolicą Apostolską i Rzeczpospolitą Polską.
Abp Kowalczyk był inicjatorem budowy w rodzinnej miejscowości Jadowniki Mokre Ośrodka Opiekuńczo-Rehabilitacyjnego dla dzieci i młodzieży niepełnosprawnej oraz Izby Pamięci Pontyfikatu Jana Pawła II przy tym ośrodku.
Prymas Polski
8 maja 2010 r. została ogłoszona decyzja papieża Benedykta XVI o mianowaniu go arcybiskupem metropolitą gnieźnieńskim Prymasem Polski. Ingres do katedry gnieźnieńskiej odbył 26 czerwca 2010. Urząd ten pełnił do maja 2014 r. Przed przejściem w stan spoczynku w maju 2014 r., do czasu objęcia stolicy gnieźnieńskiej przez abp. Wojciecha Polaka (7 czerwca 2014), pełnił funkcję Administratora Apostolskiego Archidiecezji Gnieźnieńskiej.
W czasie posługi arcybiskupiej i prymasowskiej w archidiecezji gnieźnieńskiej abp Józef Kowalczyk patronował nowożytnym międzyreligijnym i międzynarodowym Zjazdom Gnieźnieńskim zainicjowanym w Gnieźnie przez jego poprzednika abp. Henryka Muszyńskiego. Patronował również innym inicjatywom międzyreligijnym i ekumenicznym jak Dni Judaizmu czy polsko-niemiecka pielgrzymka szlakiem Ottona III. W czasie jego posługi ogłoszono w archidiecezji gnieźnieńskiej Rok Prymasa Tysiąclecia kard. Stefana Wyszyńskiego oraz zorganizowano cykliczną modlitwę w intencji beatyfikacji kard. Wyszyńskiego.
Z inicjatywy abp. Kowalczyka do katedry gnieźnieńskiej sprowadzono relikwie św. Jana Pawła II, które uroczyście umieszczono w kaplicy św. Stanisława, w bliskości relikwii św. Wojciecha. Podczas arcybiskupiej posługi prymasa Kowalczyka przygotowano również dwie nekropolie: w kościele pw. św. Piotra w Gnieźnie dla biskupów pomocniczych gnieźnieńskich oraz w podziemiach katedry gnieźnieńskiej dla arcybiskupów gnieźnieńskich Prymasów Polski. W tej ostatniej spoczywają m.in. abp Ignacy Krasicki oraz kard. Edmund Dalbor, pierwszy prymas Polski odrodzonej po zaborach.
B. Kruszyk - archidiecezja gnieźnieńska
